Dit probleem doet zich enkel voor bij een arbeidsregeling die voorziet in deeltijdse dagelijkse prestaties (vb. 30 uur gespreid over 5 werkdagen). In dat geval heeft de deeltijdse werknemer een voordeel bij de omzetting van de ecocheques (geproratiseerd) naar maaltijdcheques (in principe niet geproratiseerd) in vergelijking met een voltijdse werknemer (of een deeltijdse werknemer die in een ander stelsel werkt). De kost voor de werkgever ligt dan ook hoger.

In dat geval kan men eventueel de alternatieve telling toepassen waarbij het aantal maaltijdcheques bepaald wordt op het aantal effectieve gepresteerde uren gedeeld door de normale dagduur in de onderneming. Dit kan niet altijd worden toegepast, maar enkel als er verschillende arbeidsregelingen zijn binnen de groep voltijdse en/of deeltijdse werknemers (zie administratieve instructies RSZ). Dit is doorgaans wel het geval. De alternatieve telling moet uiteraard voorzien zijn in de ondernemingscao.